环境工程学院现设有4个专业或专业方向：环境监测与治理技术、环境工程技术、生态环境修复技术、生态农业技术等。其中生态农业技术专业是教育部重点建设专业。现有专兼职专业教师26人。其中教授5人，副教授10人；博士、硕士16人，其中博士6人（海归博士1人）；先后有10多位教师曾被派往美国、法国、日本、韩国、德国等国家留学、研修、讲学和访问交流。已经建成国家精品课程1门，江苏省一类精品课程2门，学院精品课程4门，主持或主要参加国家、省市和院级科研课题20余项，拥有国家发明专利12项，主编参编教材10余本，在国家核心期刊上发表论文70余篇。承担环境保护及农业类社会服务项目100余项。

环境工程学院拥有较为先进和完善的校内外实验实训基地，其中校内实训基地包括微生物分析实训室、环境监测实训室、水污染控制实训室等17个实验实训室，以及配备有高效液相色谱仪、气相色谱仪、原子吸收分析仪等大型仪器设备的现代分析技术中心等，能满足学生进行专业课程的实验实训操作、单项技能训练、综合技能训练需要；在江苏省优联检测技术服务公司、苏州市百信环境检测工程技术有限公司、江苏康达检测技术有限公司、太仓国家现代农业示范园等企事业单位建立了校外实训基地。

环境工程学院将继续发扬百年苏农“励志耕耘、树木树人”的光荣传统，按照“做大环境工程类专业，做强生态农业类专业的发展思路，不断增强办学实力，不断彰显办学特色，为我国生态环境保护、生态农业发展和新农村建设培养更多的高端技能型人才。